گفته شد كه شهر قم به وسيله مغولان و به احتمالي"امير تيمور گوركان" قتل عام و ويران شد و اين قتل عامها به واسطه شيعه بودن مردم آن شهر بود، حتي به قولي"امير تيمور" تمام خزانه و جواهر آلات و نفايسي كه در حرم"فاطمه معصومه(ع)" بود به غارت برد و باز يادآوري شد كه اخلاف تيمور به علت سوق الجيشي خاصي كه قم در آن روز و با اوضاع آن وقتِ ايران دارا بود به آن شهر توجه مي كردند.



در ضمن همين بحث گفته شد كه پاره اي از اخلاف تيمور قم را تختگاه خود قرار داده بودند.



در اينجا وضع تاريخي قم مخصوصا از لحاظ مذهبي، تا حدي مبهم است در اينكه تيموريان پيرو تسنن بودند، گويا ترديدي نباشد و به همين مناسبت يكي از علماي بزرگ سني مذهب يعني"شرف الدين علي يزدي" را با عزت و احترام به قم آوردند، موضوع مبهم اين است كه وضع و روش اهل قم با تيموريان مقيم قم چگونه بوده است؟ و علماي بزرگ قم در آن وقت، چه كساني بوده اند؟



بعضي از نويسندگان دوره مغول همانطور كه قبلا گفته شده است تهمت غالي بودن به مردم قم زده اند، اما نويسندگان عصر تيموري تا جايي كه نگارنده مراجعه كرده در خصوص مذهب اهل قم، در آن زمان و اينكه آيا مذاهب ديگري غير از شيعه در قم وجود داشته يا نه؟ چيزي ننوشته اند.



ظاهرا در اين دو دوره از طرف دو قوم بيگانه و خونخوار مغول و تيموري مهيب ترين ضربات به قم و مردم آن وارد آمده و مردم، بيشتر سرگرم جبران خرابي ها و خسارات بوده اند و توجه به امور مذهبي به شدت و حدت دوره هاي ديگر نبوده است تا اواخر تيموريان كه ويرانيها تا حدي ترميم يافته است و پس از آن صفويه جان تازه اي به اين شهر داده و در آباداني آن كوشيده اند.