امام رضا(ع) در سال 200 هجري به قم تشريف آوردند و در مكاني كه اكنون مدرسه رضويه است توقف كردند. در سال 201 هجري خواهر بزرگوارش، حضرت معصومه(ع) به قم آمدند و در همين شهر نداي حق را لبيك گفتند و به ديار باقي شتافتند. مدفن آن بانوي بزرگ، زيارتگاه دلباختگان و عاشقان اهل بيت عصمت و طهارت است.



علاوه بر آن بانوي بزرگوار، امامزاده هاي زيادي در اين شهر مدفونند: امام زاده علي بن جعفر، محمد بن موسي الكاظم، احمد بن قاسم(فرزند امام هفتم(ع) كه بعضي او را فرزند امام هشتم(ع) مي دانند)، موسي مْبُرًقَع، امامزاده حمزه، امامزاده ابراهيم و بسياري از امامزاده هاي ديگر.



از همان زماني كه آن بانوي محترم وفات يافت بناي گنبد مطهر آغاز شد و بارها آن را بازسازي كردند. بناي بقعه نخستين را به زينب، دختر امام جواد(ع) نسبت مي دهند.



براي اولين بار شاه بيگم دختر عماد بيك در سال 529 هجري تغييرات اساسي در ساختمان مقبره وگنبد مطهر صورت داد.



در كنار آن حضرت، چند تن از دختران ائمه اطهار(ع) مدفونند.